曹越让郑森进了大都督府，跟随在他身边做事。这样的安排，挺让郑芝龙父子吃惊，也想了无数种可能的原因。但他们都没猜到曹越的真正用意，曹越只不过是因为历史上郑成功的名声缘故，想把郑森培养成一个出众的将领，自己的亲信，一个自己能掌握和信任的人物。
郑森与郑芝龙的关系并不是很好，郑芝龙不喜欢这个长子。而郑森对自己的父亲也成见颇多，有非常的不满。这次郑芝龙起初不愿意接受朝廷的诏令，更让他担忧和害怕，并因此和郑芝龙吵了几架。虽然说郑芝龙最终做出了明智的决定，不与朝廷相抗争，但父子两人的关系并没有明显的改善。
郑森确实是个热血青年，崇尚英雄人物，听闻曹越的事迹后，羡慕和敬佩的不行，这次竟然接到了曹越的私信，称赞了他一番后，让他到南京做事。这让他受宠若惊，期望在见到曹越后，能得到更多的惊喜。还真的有惊喜在见到曹越后降临到他身上，曹越给了他莫大的鼓舞，这让他欣喜若狂。
他心里打定主意，以后一定要追随曹越，立不世战功，成就英名，为大明的繁盛贡献自己的力量。
而曹越在几次与郑森接触后，马上发现这个与他年龄相仿的人，对他非常崇拜，并且非常想得到他的信任和重用。他也就打定主意，一定要发生培养，并通过洗脑的方式，让郑森成为自己的最坚定支持者，以后再给予其重用。
福建水师的改编也马上进行，曹越让兵部侍郎吕大器和自己的亲信爱将曹杰及黄得功一道去福建执行改编的任务，锦衣卫张世泽辅助完成此任务。
随后小皇帝朱慈炯正式下诏，以原水师为基础，正式组建大明近卫军海军部队，成立三大舰队：以原曹越指挥的大明水师为基础成立北海舰队，战区范围包括京津一带外海及长江以北的内陆河湖；以原福建水师为基础。成立东海舰队，战区范围长江以南至福建、湖南、四川一带的外海及河湖，折分福建水师一部及广州一线的水师战船，组成南海舰队。战区范围为广州外海及其余两个舰队防区之外的河湖。
曹明任北海舰队提督，一个新近被曹越发现的人物，原本在郑芝龙手下任职的将领施琅被任命为曹明的副手；黄得功调任东海舰队提督，郑芝龙之弟郑芝风为副提督；福建巡抚张肯堂被调任为南海舰队提督，负责组建及训练舰队事务。黄道周任其副职。
曹越的大明水师规模还很小，战船都是木质，除了曹明所领的舰队配备了大量的新式火炮，战斗力较强外，其他两支舰队战斗力都很弱。曹越准备花上二十年时间，把三大舰队打造成世界上规模最大，战斗力最强的海军，并随之开始征服世界。
一切都要慢慢来，蒸汽技术要研制出来，铁甲舰队也要制作出来。更新式的火炮及其他武器都要研制出来。这样大明的海军实力，才能得到极大的提高，才有征服世界的资本和实力。
大明皇家军事学院也在曹越的亲自操持下，很快就在燕子矶大营附近创办起来。曹越亲自担任院长，并亲自参加教学。学院开设的课程也是曹越亲自选定，授课老师从高级将领及士林中选取，课业包括政治思想、军事指挥、后勤管理、各技术兵种分类等等。
第一批学员也在军事学院筹建后马上招收，大都督府及五军都督府的高级将领，都要参加学院的培训，获得结业证书后才能算学业完成。
初始授课曹越将提纲大部分课业。这批学员中的一部分，及一些实战经验丰富，善于总结经验的效仿以后将成为军事学院的授课老师。曹越准备先给这些人灌输新式军事作战理念，再通过他们教授给其他学员。通过这样的方式，慢慢把军事学院筹建完善，待以后再建立更多的军校。
在亲自负责这些事的同时，曹越也通过孙传庭及其他被他控制的朝臣，制定了一系列社会变革的举措，包括税制的改革、行政体制的初步变革。支持并完善工商业、制造业的改革。后世时候所了解、并被证明非常有利于社会进步和发展的措施，曹越都准备搬到明朝来。一切都是为了大明各方面能快速从战争的创伤中恢复过来，并有长足的发展，让大明变得国富民强，让世人为之仰慕。
其实曹越最想的，就是战事稍停，让他有时间把一切打理好，让大明的发展朝另外一个方向转变，走向工业化、资本化，有脱胎换骨的变化。但世事总不会常如人意，曹越在南京紧张地引导各项社会变革的时候，北方的战事，又不可避免地发生了。
确切地说，是率军驻扎北京的曹变蛟认为，在大明近卫军休整一段时间，各种军需都补充完毕后，应该再举兵事了。
建奴在关外苟延残存，所统辖的蒙古等其他部落相继叛乱，朝鲜也正式提出脱离建奴，回归大明，并起兵反抗。吴三桂的关宁军逃出关外后，并没仆从建奴，而是与建奴争夺地盘。
关外一片混乱的情况下，曹变蛟觉得已经休整完毕的大明近卫军，可以出关平叛，彻底消灭建奴。
最终曹越同意了曹变蛟的所请，以大都督的身份，令其率驻扎在北方的七个近卫师近十五万人，出关作战。曹越也令曹明所领的北海舰队，倾全力支持曹变蛟的北伐，及朝鲜脱离建奴的抗争。同时令东海舰队和南海舰队也派出一部分兵力支援，以实战开始练兵。
曹变蛟率军出关作战，曹越也要提防陕西、四川的流寇趁机作乱，在与孙传庭、红娘子等人商量一番后，曹越也决定派兵主动进攻陕西的李自成残部。只不过这次西征，曹越并没打算马上就灭掉流寇，而是威慑，因此也没派非常多的兵力，更没亲自领军。
他让主动请战的红娘子，率五个近卫师的人马，从河南进军，抵近流寇控制的地方。
只要流寇敢轻举妄动，就果断歼灭，这是曹越给红娘子的授意。
原本曹越希望红娘子就此结束军旅生涯，正式嫁给他，以后在家里相夫教子，但红娘子并不甘愿这样，她还想给李岩报仇，以了却最后的心愿，因此也向曹越请命，讨伐李自成的流寇。曹越最后同意了她的请求，并令曹杰和高杰作为她的副手，一道出征讨伐流寇。。